Mit der Hand bringt das wohl keinen Erfolg. Aber es gibt ein Tool, das zumindest beim SGS2 funktioniert.
xda-developers - View Single Post - [Kernel] Hellcat's Root Kernel - v1.24 // root, CWM5, CIFS, BLN, BootLOGO and more...

Der Ordner heißt EFS
Ich würde auf jeden Fall gleich nach dem Rooten ein nandroid-Backup machen. Das rettet vielleicht auch schon.